В 1948 году была образована кафедра теории музыки и композиции, которую возглавлял педагог, композитор А. С. Леман (1948 - 1949, 1961 - 1969). С 1949 по 1961 годы кафедрой руководил выдающийся татарский композитор М. А. Музафаров. В 1969 году кафедра теории музыки и композиции была разделена на кафедру теории музыки и кафедру композиции. Начиная с этого времени, в разные годы кафедра теории музыки существовала как отдельная структура, периодически возникали периоды объединенной кафедры вместе с историей музыки или композицией.
   Заведующими кафедрой теории музыки были Я.М. Гиршман, Ю.Н. Исанбет, А.Б. Луппов, Б.Н. Трубин, Л.А. Федотова, Л.В. Бражник, А.Л. Маклыгин. Кафедра теории и истории музыки работала под руководством Я.М. Гиршмана, Л.В. Бражник, А.Л. Маклыгина, В.Р. Дулат-Алеева.
  В становлении музыковедческих кафедр основополагающую роль сыграли Х.И. Булатова-Терегулова, А.Ф. Бормусов, Ю.В. Виноградов, Д.А. Говорухин, А.С. Леман, Г.И. Литинский, Я.М. Гиршман, Н.Ф. и Р.С. Таубе, А.Г. Юсфин, Л.А. Федотова.
  В настоящее время заведующим кафедры является доктор искусствоведения, профессор А.Л. Маклыгин. В состав кафедры входит 9 человек, из них 3 человека имеют учёную степень доктора искусствоведения (Маклыгин А.Л., Бражник Л.В., Гирфанова М.Е.), 4 человека ‑ учёную степень кандидата искусствоведения (Загидуллина Д.Р., Гумерова А.Т., Маклыгина А.А., Загидуллина З.З.).
   Активно развивается научная деятельность кафедры. Сфера научных интересов сотрудников включает общетеоретические и методологические проблемы теории музыки, исследования в области отечественной и зарубежной музыкальной культуры, изучение музыкального языка классической, старинной и современной музыки, проблемы музыкальной педагогики. Специальное внимание уделяется теоретическим проблемам татарской музыки; ряд педагогов занимается исследованием музыкальной культуры народов Среднего Поволжья. Преподаватели кафедры являются авторами многочисленных учебных пособий, созданных для разных звеньев музыкального образования; монографий, научных статей. Под руководством членов кафедры было защищено 12 диссертаций на соискание ученой степени кандидата искусствоведения. Преподаватели кафедры включены в редакционные советы и коллегии научных журналов, входящих в перечень ВАК ‑ «Журнал Общества теории музыки», «Музыка. Искусство, наука, практика», «Вестник СПбГУ. Искусствоведение», «Музыкальная академия», «Музыковедение».
   Кафедра теории музыки является инициатором и организатором целого ряда научных мероприятий. Среди них – три Международные конференции, посвященные пентатонике (1958, 1973, 1993 гг.), Международная конференция «Ладовые коммуникации в евразийском музыкальном пространстве» (К 100-летию со дня рождения Якова Моисеевича Гиршмана) (2013 г.), Международная конференция «Чтения памяти С.В. Смоленского» (2012, 2014, 2016, 2018 гг.).  В 2019 году состоялся крупнейший научный форум ‑ Четвертый международный конгресс Общества теории музыки «Термины, понятия и категории в музыковедении». Мероприятие было организовано совместно с Московской государственной консерваторией имени П.И. Чайковского и Обществом теории музыки (ОТМ) – одним из наиболее авторитетных профессионально-общественных объединений музыковедов нашей страны. Заместителем председателя совета ОТМ является А.Л. Маклыгин.
  Выпускники кафедры теории музыки плодотворно работают в учебных заведениях и научных учреждениях Поволжья и других регионов России, а также за рубежом. Среди них доктора искусствоведения М.Г. Кондратьев (Чувашский государственный институт гуманитарных наук), И. М. Нуриева (Удмуртский институт истории, языка и литературы ‑ Удмуртский федеральный исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук), кандидаты искусствоведения Н. В. Ахметжанова (Уфимский государственный институт искусств имени Загира Исмагилова), Л. Н. Егорова (Университет Бар Илан, Израиль), Л. В. Белякаева-Казанская (Санкт-Петербургский филиал Союза композиторов России), Г. Р. Сайфуллина (Утрехтский университет, Нидерланды), И. О. Цахер (Иркутский музыкальный колледж им. Ф. Шопена), И. А. Преснякова (Российская академия музыки имени Гнесиных), Д. И. Топилин (Российская академия музыки имени Гнесиных). Выпускником кафедры теории музыки является профессор, доктор искусствоведения, и. о. ректора Казанской консерватории В.Р. Дулат-Алеев.