Установка в Актовом зале консерватории большого концертного органа фирмы "Rieger-Kloss" в 1972 году и двухмануального органа фирмы "Oule" в зале камерной музыки в 1978 году открыла новые возможности для развития органного искусства и образования в Казани. Основателем казанской органной школы является Р.К. Абдуллин, окончивший Ленинградскую консерваторию по классу профессора Н.И. Оксентян и аспирантуру Московской консерватории под руководством профессора Л.И. Ройзмана. Воспитанниками Р.К. Абдуллина являются многие ныне широко известные в России и за рубежом органисты: Е. Базова, А. Титов, Д. Зарецкий, Д. Мееркова, Л. Лабзина, В. Ряхин, С. Бережная и др.
Важными вехами в развитии казанской органной школы стали: установка в 1996 году в Большом концертном зале великолепного, не имеющего аналогов в России органа фирмы "Flentrop" и создание в 1998 году кафедры органа и клавесина под руководством заслуженного деятеля искусств Российской Федерации, народного артиста Республики Татарстан, лауреата Государственной премии России, профессора Р.К. Абдуллина.
Кафедра имеет прекрасную инструментальную базу: кроме малого и большого концертного органов в учебном процессе используется французский клавесин "Nagel". Демонтированный во время реконструкции Актового зала консерватории орган "Riеger-Kloss" в 2005 году был установлен в открывшемся в Набережных Челнах новом Зале органной музыки.
Рост международного авторитета Казанской консерватории, как крупного центра органного искусства, нашел отражение в Международных фестивалях органной музыки с участием ведущих органистов России и Европы, проводимых в Казани на регулярной основе (1997, 2000, 2002, с 2004 - ежегодно). На базе Казанской консерватории были проведены II, IV и V всероссийские конкурсы органистов (1991, 2000, 2007), международные конкурсы органистов (2002, 2008). Профессор Р.К. Абдуллин принимает участие в работе всех всероссийских конкурсов органистов в качестве председателя или члена жюри.

В учебном процессе большое значение имеют творческие контакты с ведущими мастерами органного искусства. Для проведения мастер-классов со студентами и аспирантами кафедры приглашались Л. Ройзман, Л. Кремер, З. Сат-Мари, М. Шапюи, Й. ван дер Кой, О. Янченко, К. Стембридж и многие другие.
Педагоги, студенты и аспиранты кафедры ведут активную концертную деятельность в России и за рубежом; успешно выступают на международных конкурсах.
Педагоги кафедры выступили научными редакторами при подготовке изданий ряда фундаментальных трудов по вопросам органной музыки: Х. Лепнурм «История органного искусства», Л. Ройзман «Орган в истории русской музыкальной культуры», Г. Келлер "Органные произведения Баха: Исследование исторической формы, ее толкование и исполнение". В 2007 г. опубликована монография Е. Бурундуковской "Органно-клавирная культура Италии (конец XVI - первая половина XVII века)".

В 2023 году стартовали обменные концерты студентов кафедры органа и клавесина Казанской консерватории и студентов органных кафедр и секций консерваторий России. В сезоне 2022-2023 гг. был запущен проект «Орган детям», имеющий продолжение также в текущем концертном сезоне. Педагоги кафедры ежегодно играют сольные концерты в Государственном Большом концертном зале им. С. Сайдашева, представляя публике разнообразные программы органной музыки шести столетий.
С октября 2022 года кафедра работает под руководством доктора искусствоведения, профессора Е.В. Бурундуковской.

Профессорско-преподавательский состав кафедры: